Полтора года Борис уживался со своими товарищами, но уже захватил в свои руки управление всеми делами, так что и иностранцы обращались мимо этих товарищей к  нему как к единственному правителю государства. В это время Борис Годунов начал любимое дело - постройку городов, чем отличался во все продолжение своей жизни, справедливо сознавая пользу этой меры государства. Таким образом, для укрощения черемисов Борис, приказал строить по берегам Цивильск, Уржум, Царево-санчурск, а ниже по течению Волги - Саратов, Переволоку,  Царицын. Астрахань была обведена каменной стеной. На севере в 1584 году построен Архангельск, сделавшийся тотчас  же важнейшим торговым пунктом. В самой Москве в 1586 году построена была Белгородская стена.¹² На юге в 1586 году построены были Ливны, возобновлены Курск и Воронеж. От города  до города устраивались станицы для поселения на привольных, но пустых местах.

     Борис был милостив к тем, которые были с ним заодно, и в то время особенно приблизил к себе двух братьев, дьяков  Щелкаловых, из которых Андрей был посольским, а Василий - разрядным дьяком. Но Борис не допускал долгое время проживать спокойно тем,  в которых видел себе соперников и недоброжелателей. Борис именем царя приказал сослать Мстиславского в Кирилло-Белозерский монастырь и постричь.

     Расправившись со Мстиславским, Годунов дождался случая разделаться с Шуйским. Им были переданы многие из московских торговых людей; ожидая от Годунова чего-нибудь враждебного к Шуйским, они заранее кричали, что побьют Годунова камнями, если он тронет кого либо из этого рода. Митрополит Дионисий пытался было примирить и сдружить между собой Годунова и Ивана Петровича Шуйского; он пригласил и того и другого к себе. Они наружно помирились. Спустя несколько времени холопы Шуйских,  Федор Старов с товарищами подали донос, будто существует заговор против государя, которым руководят князья Шуйские. Летописцы говорят, что сам Борис подучил доносчиков; в этом случае он действовал по примеру царя Ивана, который не раз пользовался такими же ложными доносами, чтобы придать личину справедливости своим убийствам. По доносу Старова, взяли под стражу князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских,  князя  Василия Скопина-Шуйского, разных их друзей, князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сначала поговорили только удалить в их вотчины, но когда они туда приехали , то их схватили , увезли одного на Белоозеро, другого в Каргополь и удавили.

     С этих пор Борис сделался вполне единым и самовластным правителем в Московском государстве. На будущее время беспокоили воображение Бориса потомки царской линии - царевич Димитрий и Мария, вдова короля Магнуса (дочь Владимира Андреевича) с малолетней дочерью Евфимией. Он поручил английскому купцу Горсею уговорить Марию Владимировну переехать с дочерью в Москву из Риги.¹³ Королева с дочерью убежала из Риги и прибыла в Москву на почтовых лошадях. Сначала Борис принял ее, как обещал, наделил вотчинами, деньгами, а через несколько времени именем царя ее разлучили с дочерью, увезли и постригли в Пятницком монастыре близ Троицы. В 1589 году маленькую дочь ее похоронили  у Троицы с почестями, как королеву. Борис приказал тайно умертвить ее.

     В декабре 1586 года умер Стефан Баторий. В  следующем году в Польше началось обычное избрание нового короля, в котором важное участие приняло Московское государство. Борис увидел возможность посадить на польско-литовский престол Федора, сообразно давнему  желанию литовских панов соединиться с Московским государством посредством возведения на свой престол московского государя. Борис вероятно рассчитывал, что расположение к нему Польши и Литвы пригодится со временем, и потому-то при венчании Федора.

     В Польше в то время образовались три  партии: одна, под предводительством Зборовских, хотела выбрать австрийского принца Максимилиана. Другая, во главе которой был канцлер и гетман Замойский, склонялась к избранию шведского королевича Сигизмунда, сына короля Иоанна и польской принцессы Екатерины. Третья, состоявшая преимущественно из литовских панов, хотела московского государя. Послы отправились в Польшу и повезли сорок восемь писем к разным панам с самыми лестными предложениями. Русский царь обещал защищать польско-литовские владения московскими силами, строить на свой счет крепости, отвоевать у шведов и отдать Речи Посполитой Эстонию, предоставить свободную торговлю польско-литовским людям в Московском государстве, а главное, он обещал не вступаться вовсе в королевские доходы  и все отдать панам в управление, так что если новый государь приедет в Польшу, то не только не потребует от них никаких денег на свое содержание, но еще будет раздавать им свою казну.

     Предложения были действительно соблазнительны. Главное препятствие к выбору Федора заключалось в денежном вопросе. Паны говорили им, что нужны деньги, чтобы подкрепить царскую сторону на сейме. Послам негде было достать денег. Тогда на сейме одна польская партия выбрала Максимилиана, другая - Сигизмунда. Литовцы  не приставали ни к той, ни к другой и еще раз пытались сойти с московскими послами. Захочет ли государь взять одну Литву, если поляки не согласятся на его избрание?

     Борис, узнав о том от послов, отправил панам литовским дары на 20000 рублей, обещая дать еще деньгами 70000. Но уже  было поздно: поляки успели сойтись  с литовцами и склонить их на сторону Сигизмунда. Избрание кончилось в пользу Сигизмунда.¹⁴ Максимилиан пытался было добывать польскую корону оружием, но был разбит Замойским, взят в плен и выпущен под условием отказа от всяких притязаний на польский престол.

     Таким образом, в Польше сел на престол государь, которого особенно не желали в Москве: сын шведского короля, с которым Московское государство находилось не в дружелюбных отношениях. Политика Бориса, однако, была не воинственна; он думал достигнуть политических целей хитростью и хотел находиться, насколько возможно, в мире со всеми соседями. С Швецией существовало ещё прежнее перемирие, продолженное на четыре года в 1585 году. В отношениях в Крыму, Москве помогали междоусобия, возникшие в этой стране.

     Борис по восшествии Федора на престол, отправлял посольство в Турцию с изъявлением своего миролюбия. Там приняли московского посла хотя миролюбиво, но довольно надменно.  На юго-востоке,  в 1586 году, кахетинский царь Александр отдался в подданство московскому государю.

     Борису  нужно было возвышать духовенство, чтобы при всякой  нужде опираться  на него и находить в нем могучую  поддержку. Учреждение патриаршества  давало русской церкви блеск, сообщало этот блеск и самому государству, но более всего возвышало Бориса, получавшего через то и славу благодетеля русской церкви и более ручательства в содействии своим видам со стороны духовенства: патриарх был как бы государь; а такой патриарх, каким был Иов, всегда и во всем был готов потакать Борису.  Для истинной пользы русской церкви в то время нужны были не титулы, не наружный блеск, а образованный блеск, а образованные и нравственные пастыри: патриаршество, как показали последствия, напортив, ставило преграду внутренним преобразованиям как в церкви, так и в свое время было уничтожено, как один из признаков, наиболее препятствующих культурному движению русского общества.

     Как ни старался Годунов  избегать всякой войны с соседями, но в 1590 году, по истечении перемирия  со Швецией, принужден был начать неприязненные действия. Шведы удерживали отнятую при Грозном часть Вотской пятины и не хотели возвращать ее, хотя Борис и предлагал за нее деньги. В январе 1590 года началась война. Самого государя взяли в поход. Шведы действовали плохо, не более как через месяц сами предложили перемирие на год и уступили царю: Яму, Копорье и Иван-город. Русским этого было недостаточно.¹⁵ Они хотели также возвратить Нарву и Корелу, но приступ их к Нарве был неудачен, и осторожный Борис, побоявшись подвергаться опасностям, поспешил взять то, что давалось. С тех пор несколько лет съезжались между собой русские и шведские уполномоченные, не могли сойтись, начинались опять военные действия, но незначительные; потом опять съезжались послы толковать о примирении и только уже в 1595 году заключили мир. Шведы воротили русским Корелу, а русские отказались от Нарвы и от всех притязаний на Эстонию.

     Между тем Димитрий рос в почетном изгнании в Угличе и представлял в будущем  большую опасность для Бориса. Федор был бездетен,  слаб здоровьем и в случае его смерти, царевич Димитрий был бы провозглашен его преемником на престоле. Борису, естественно грозила погибель. В 1591 году Годунов отправил в Углич надзирать над земскими делами и над домашним обиходом царицы Марии своих доверенных людей: дьяка Михаила Битяговского с сыном Даниилом и племянником Качаловым.

     15 мая 1591 года в полдень пономарь  соборной углицкой церкви ударил  в набат. Народ сбежался со  всех сторон во двор царицы  и увидел царевича мертвого  с перерезанным горлом. Народ  убил Михаила и Данила Битяговских и Никиту Качалова. Умертвили еще несколько человек по подозрению в согласии с убийцами.¹⁶

     Дали  знать в Москву. Свидетелей убийства не было. Преступников - тоже. Следствие  произведено было самым бессовестным образом. Выходило, будто царевич  зарезался сам. Осмотра тела не делали; людей, убивших Битягского с товарищами, не допросили. Показания, снятые с разных лиц гласили одно, что царевич зарезался в припадке падучей болезни. Тело царевича было предано земле в углицкой церкви св. Спаса.

     Правительство объявило и приказывало народу верить, что смерть царевича произошла от самоубийства, но в народе сохранилось убеждение, что в царевич был зарезан по тайному приказанию Бориса.

4.Убийство  Дмитрия и бедствия  в московском государстве

     Вскоре  после смерти царевича, 23 мая, на праздник Троицы, во время отсутствия царя, уехавшего в Сергиев монастырь, вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел значительную часть Белого города. Борис тотчас начал раздавать пособие погоревшим и на собственный счет отстраивать улицы. Несмотря на такую щедрость, в народе ходили слухи, что пожар был произведен людьми Годунова, по его приказанию для того, чтобы отвлечь внимание от столицы от совершенного убийства.

     Менее чем два месяца спустя, столица  испытала новую тревогу. Крымский хан Казы-Гирей долго обманывал Москву, уверял, что будет посылать татар на Литву, а на Москву не пошлет, и вдруг неожиданно бросился с громадной силой в русские пределы. Тогда ожидали разрыва со Швецией и сосредоточивали военные силы на севере. Хан так скоро очутился на Оке,  что русские думали только о защите столицы. Осторожный Борис не взял на себя главного начальства над войском, оборонявшем Москву, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял после него второе место.¹⁷ Татары побились с русскими и потеряли несколько мурз. Годунов приказал без умолку палить из пушек, а русские пленники сказали хану, что в Москве стреляют от радости, потому что туда пришли новые силы из Новгорода и других мест, и готовы на другой день утром ударить на хана. Хан немедленно бежал со всеми своими силами. Вся честь победа должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и в чужих землях. В память спасения Москвы был заложен монастырь, названный Донским.

     В следующем 1592 году у царя Федора родилась  дочь Феодосия. Борис показывал вид радости, но никто не верил его искренности, через несколько месяцев маленькая царевна умерла.

     Борис делал свое дело и приобретал себе всеми мерами сторонников. Он заручился  расположением духовенства.

     И вот Борис издал закон, уничтожавший Юрьев день - право перехода крестьян с земли одного владельца на землю другого. Все крестьяне обязаны были навсегда оставаться в повиновении своим помещикам и вотчинникам. Этим законом Борис до чрезвычайности угождал всей  массе незнатных землевладельцев, обязанных службой и постоянно нуждавшихся в рабочих руках для достижения средств благосостояния и для исправности на службе. К этому располагало следующее обстоятельство. С открытием Сибири, с занятием земель на юге Московского государства последовало движение народа на новоселье. Пустели целые волости и посады. Мера эта не по душе была простому народу, и с этих пор вместо законно переходивших от владельца к владельцу крестьян явились беглые, и число их усиливалось с каждым годом. Владельцы преследовали их, искали на них суда, заводили тяжбы, требовали возвращения крестьян; а те из крестьян,  которые были поудалее бежали в казаки или умножали за собой разбойничьи шайки. Сам Борис, стараясь удержать народонаселение в середине государства, нуждался, однако и в расширении его на окраинах. Нашествие крымского хана убеждало его в необходимости умножать число городов на юге и населять ратными людьми. Таким образом, в конце 1593 года Борис построил крепости вниз по реке Осколу - Белгород, Оскол, Валуйки.¹⁸

     Всякое  общественное бедствие и всякое общественное предприятие давали Борису повод показывать свою заботливость о судьбе народа. В Москве в  1585 году случился пожар в Китай-городе, и сам Борис способствовал скорейшему возобновлению сгоревших дворов; вслед затем открылось покушение зажечь Москву: и Борис,  к удовольствию  народа, передал казни виновных. Происходили пожары и в других городах- и там Борис подавал помощь погоревшим. В некоторых местах были неурожаи - Борис посылал туда хлебные запасы.¹⁹ Посетило Русь также нередкое в ее истории бедствие - заразительные болезни, сильно опустошавшие тогда Псков; Борис учреждал заставы, чтобы не дать им распространиться в других областях. В 1596 году задумал Борис строить каменные стены в Смоленске и  устроил работы наймом.

     Борис в 1597 году подтвердил закон о прикреплении крестьян к земле, установил, чтобы  все, убежавшие из поместий и вотчин в течение предшествующих пяти лет,  были  отыскиваемы и возвращаемы к повиновению помещикам и вотчинникам.