Осенью 1908 года митрополит Андрей негласно посетил  подпольные общины восточного обряда в Петербурге и Москве.

Побывав на Украине  он убедился, что царское правительство весьма сильно опасается движения за самобытность Украины: священнослужителей, заподозренных в симпатии автономии украинской церкви переводили служить в русские епархии, приходское духовенство обязали доносить о «мазепинских» настроениях, авторитет государственного православия низок, верующие уходят в баптизм и костелы.

3 мая 1910 года  в Департамент духовных дел  МВД поступило донесение о  поездке митрополита в Россию:

«Шептицкий вообще явно и тайно направляет все свои усилия к восстановлению у нас унии, как переходной ступени к принятию склонным на сие лицами русского происхождения римско-католической веры.»

«Какой мерзавец!»

В августе 1914 в  первые дни Мировой войны, митрополит написал секретный меморандум австрийскому правительству о необходимости создания украинского государства. Основная идея этого документа - в случае занятия австрийской армии воссоздать независимость Украины в духе ее казацких традиций под протекторатом Вены. Решение церковного вопроса он брал на себя. Он планировал как Митрополит Галицкий и всея Руси-Украины, объявить о непризнании власти Святейшего Синода, сместить с кафедр епископов москвофилов и назначить сторонников украинской ориентации. Далее он писал: «: Рим согласился бы на эти распоряжения и назначения. Восточные патриархи которые были бы оплачены властью, также бы одобрили их. Оставляя народу все, что могло бы быть ему дорого, с точки зрения обрядов и обычаев, повышая уровень клира, избавляя его от тяжелого ярма синода и консистории, от которой он так много страдает, и обращая клир от полицейской и политической деятельности к чисто церковной и христианской сфере, можно быть уверенным в полном согласии. Таким образом, единство Украинской церкви будет сохранено или воссоздано, а ее отделение от Российской церкви будет решительно и фундаментально проведено. Канонические методы для такой процедуры приемлемы с католической точки зрения и с точки зрения восточного православия, они законны, логичны и не требуют выяснения: Православие церкви не было бы уничтожено. Оно должно быть сохранено во всей его полноте. Было бы только необходимым очистить его радикальным способом от московских влияний.»

Митрополит Андрей не оставил своей паствы при приближении российских войск. 23 августа после занятия Львова он произнес проповедь в Успенской церкви Львова с призывом к народу сохранять верность Апостольскому престолу и проявлять миролюбие к россиянам.

«У них служение такое же самое, как и у нас, они называют себя православными и мы - православные:»

19 сентября арестован  военными властями по обвинению  в антироссийской агитации и  выслан в глубь империи. 

Мужество митрополита  пробудило к нему симпатии в среде  российской интеллигенции, знавшей, что  синодальные епископы всегда оставляли свои кафедры и первыми отъезжали при приближении войск неприятеля. В прессе звучали требование о его освобождении.

27 июля 1916 года  министр внутренних дел Штюрмер  сообщил Царю об обретении  при разборе архива Шептицкого  копии пресловутого меморандума австрийскому правительству. Штюрмер отверг мысль «о возможности преждевременного освобождения столь важного для нас заложника». Государь просмотрел эту записку и собственноручно написал «Какой мерзавец!»

Несмотря на то, что писатель Владимир Короленко в московской газете «Русские ведомости» выступил в защиту митрополита, условия содержания были ужесточены и митрополита перевели в Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь в тюрьму для религиозных преступников.

Возвращение

В марте 1917 года решением Временного правительства  митрополита освободили из-под стражи. Он посетил Киев , Москву, Петербург, где его встретили украинцы и  белорусы, учившиеся в римско-католической семинарии и академии.

В апреле в Киеве  он разговаривал с руководителями украинской Центральной рады М. Грушевским и  В. Винниченко, которые отнеслись  к нему весьма прохладно и отказали в официальном представлении. Хорошо встретили его селяне на съезде кооператоров. Выступавшие сравнивали приезд Шептицкого со въездом в Киев Богдана Хмельницкого после побед над Польшей.

Вернувшись в  Петроград он разыскал свой архив, который  ему вернул академик А. Шахматов. Свои документы об особых полномочиях  он предъявил латинским иерархам в России и 29-31 мая созвал Собор российской греко-католической церкви, назначив своим экзархом в России иеромонаха студита Леонида Федорова

10 сентября митрополит  вернулся на свою кафедру, где  занялся сбором средств для  жертв войны. 

В связи с тем, что синодальные священники покинули свою паству в Холмщине, Волыни и Подляшье, которые были заняты войсками Австро-Венгрии, владыка Андрей направил туда своих священников. Украинские офицеры на австрийской службе сообщали оттуда о доброжелательном отношении селян к восстановлению унии. Оккупационные власти тоже не препятствовали.

28 февраля 1918 года митрополит в своей речи  в венской Палате Господ по  случаю заключения Брестского  мира добивался включения Холмщины  в состав провозглашенной Украинской Народной Республики. В июне Гетман Украины Скоропадский потребовал от православных архиереев провозгласить автокефалию православной церкви. Прозвучало мнение о возможности избрания Шептицкого Патриархом Украинской православной церкви, митрополит ответил, что примет только свободное избрание большинством голосов (без давления власти). Позже глава Директории Владимир Винниченко так видел будущее церкви в Украине:

«Созовем синод епископов, архимандритов и представителей мирян с Украины и посоветуем им принять унию, а Шептицкого поставим во главе. Еще и договоримся с Римом, чтобы его сделать патриархом Украины: :Отгородим Украину стеной Унии от Москвы раз и навсегда.»

Призрак Святого Юра

12 октября 1918 года митрополит Андрей подписал  уведомление Украинского парламентского  представительства о создании  самостоятельного украинского государства  в границах Австро-Венгрии, позже  он был избран членом Национальной  рады Западно-Украинской Народной Республики. В самом начале польско-украинской войны 19 ноября владыка Андрей был интернирован по приказу своего родного брата польского генерала в митрополичьих палатах на Святоюрской горе и несколько лет пребывал под домашним арестом. С того времени он стал официальным врагом польского народа, «призраком Святого Юра», как называли его в газетах.

В июне 1919 года он приютил в своей резиденции своих  давних заочных знакомых митрополита  Антония Храповицкого, архиепископа Евлогия и епископа Никодима. Он предоставил им свою личную часовню для совершения литургии, снабдил средствами для отъезда на Запад.

«Вы увидели нас в первый раз в жизни, а встретили как родных, руководясь заповедями Спасителя» - написали ему православные архиереи

До митрополита доходили тревожные вести с Волыни и Подляшья, которые были присоединены к Польше: власти запретили преподавать украинский язык в школах, действовала лишь небольшая часть православных храмов, остальные были либо закрыты, либо переосвящены в костелы, в православии не осталось даже кандидатов на священство, латинское духовенство требовало проповедовать по-польски.

В ноябре его  при вмешательстве Римской курии  выпустили в Западную Европу для  сбора средств жертвам войны.

17 февраля 1921 года он выступил на конференции в Папском Восточном институте «Роль монашества для проблемы Унии.» В марте папа Бенедикт XV назначил его апостольским визитатором для украинцев греко-католиков в Южной Америке. Он посетил Европу и Америку, где встречался с политиками, защищал интересы украинцев в Польше, призывал способствовать созданию независимого украинского государства в Галиции

За его деятельностью  следила польская полиция. Митрополит получал предупреждения с угрозам  физической расправы по возвращении  в Львов.

8 марта 1922 года в Париже участвовал в переговорах с президентом Совета послов Жулем Камбоном о предоставлении Западной Украине независимости. 15 марта на основе международных соглашений Восточная Галиция была закреплена за Польшей.

В июле составил духовное завещание папе Пию Xi с просьбой благословить на мученическую смерть за единство Церкви. «Всю свою жизнь я молил Бога благодати умереть исповедником веры католической. Хотел бы я умереть от рук врагов этой веры, но принимаю смерть так, как Господь мне ее дает, и я заранее прощаю тем, от которых я ее приму.»

23 августа польские  власти вновь арестовали его  и поместили под домашний арест  в один из монастырей в Познани.  Благодаря личной просьбе папы  митрополита Андрея освободил  и разрешили вернуться во Львов. 

Конкордат Польши и Ватикана

8 сентября 1925 года  в Варшаве после подписания  конкордата между Польшей и  Ватиканом владыка Андрей присягнул  на верность и лояльность Польской  республике вместе со всеми католическими епископами страны. Тем самым он пытался отвести обвинения в антигосударственной деятельности и поддержки украинских повстанцев, продолжавших вооруженную борьбу.

Конкордат, готовившийся без участия епископов, перечеркнул  плоды многолетних усилий митрополита Андрея. Было запрещено восстанавливать греко-католические епархии, насильственно ликвидированные в прошлом веке. Согласно нормам канонического права, эти епархии считались существующими, их возглавлял митрополит Галицкий, на основании полномочий папы.

Власти использовали конкордат, чтобы активно влиять на номинацию кандидатов на епископские  должности, не допускать до рукоположения  тех, кого они считали украинскими  националистами.

Польское правительство  полагало, что лучше вообще рукополагать на греко-католические кафедры только поляков: епископом для Лемковщины был продвинут поляк прелат Антоний Около-Кулак, в православные епископы удалось провести двое поляков Семашко и Шреттера, которые вскоре заняли ключевые должности. Стало практически невозможно основывать греко-католические приходы вне Галиции.

10 декабря написал  тревожное письмо кардиналу Синчеро  в Рим в котором писал об  опасности конкордата для соединения  церквей. 

2 февраля 1928 викарный епископ Пермышльской  епархии сообщил, что в результате канонической визитации греко-католиков в Лемковщине 6 приходов ушло в автокефалию. 8 октября митрополит участвовал в собрании епископов трех обрядов о взаимоотношениях верных различных исповеданий, на котором он отстаивал равенство обрядов Католической церкви и запрет перехода из обряда в обряд.

Защитник православия

В октябре президент 1929 года Украинского национально-демократического объединения Дмитрий Левицкий сообщил митрополиту о намерениях римско-католических духовных властей в восточных областях Польши забрать у православных около 400 храмов (ранее бывших униатскими). До Свято-Юрской горы также доходили вести с противоположной стороны границы о массовых гонениях на христианство в Совдепии. В марте 1930 года, когда болезнь окончательно приковала его к инвалидному креслу, митрополит обратился к верным и духовенству молиться за гонимых в Советском Союзе.

В октябрь митрополит протестовал против государственной политики «пацификации» (умиротворения): польские войска, борясь с украинским повстанческим движением, проводили массовые прочесывания местности, выселяли селян из хат, закрывали православные храмы или отдавали их римо-католикам. Многие из таких храмов когда то были костелами, отобранными в XIX веке царскими властями во время подавления двух польских восстаний. С точки зрения Польши, «пацификация» исправляла историческую несправедливость. Митрополит не одобрял участия своих священников в Организации украинских националистов и осуждал террористическую деятельность против представителей государственной власти.

Владыка Андрей приезжал в Варшаву, где безуспешно пытался встретиться с маршалом Юзефом Пилсудским. 13 октября Шептицкий  открыто выступил против разрушения польскими властями православных храмов на Холмщине и Подляшье.

Утихнув, гонения  возобновились с новой силой  в 1938 году. Параллельно митрополита  постоянно ругали в прессе, Собор  Святого Юра называли рассадником  антигосударственной пропаганды и  осиным гнездом украинского национализма. Как сообщил митрополиту василианин о. Иосиф Федорик, польские военные постановили превратить Холмщину в укрепленный район, населенный только польским населением с целью отразить готовящее военное вторжение Советского Союза. Сейм одобрил постановление о переходе к государству прав на имущество бывшей униатской церкви, ликвидированной в Российской империи в правление Николая I и Александра II. Хотя в тексте конкордата об имуществе ликвидированной униатской церкви не упоминалось, в народе распространялись слухи, что Папа продал церкви полякам.